Anders sieht die Lage jedoch in Bereichen aus, die nicht oder nur kaum von Mensch und Nutztieren beansprucht werden. Der Uelzener NABU-Kreisverband verweist hier auf den schleswig-holsteinischen Landesverband, der in einer Stellungnahme deutlich macht, dass das Jakobskreutzkraut auch eine wichtige Rolle für die Insektenvielfalt spielt. In Schleswig-Holstein seien unter anderem vier Flohkäferarten darauf nachgewiesen – wenn die Giftpflanze im Allgemeinen radikal bekämpft werde, würden für die Verbreitung dieser Arten wichtige „Trittsteine“ fehlen. Beim Umbrechen und Mulchen von Flächen mit Jakobskreuzkraut würden laut dem Landesverband zudem unzählige Wirbellose getötet und in manchen Fällen auch Nester von Bodenbrütern oder durch Wiesenameisen entstandene natürliche Strukturen beseitigt.
So kommt der Uelzener NABU-Kreisverband zu dem Ergebnis, dass bei der Entfernung der Pflanzen immer mit Augenmaß vorgegangen und von Fall zu Fall entschieden werden sollte. Ganz eindeutig ist laut Fritz Kaune jedoch zu empfehlen, dass die Bürger im Einsatz gegen das Jakobskreuzkraut Handschuhe verwenden. Das Gift der Pflanze kann beim Menschen schon bei Berührung zu Leberschäden führen.